由于King Records的疏忽，电视动画和第3季同时开展的梦想土崩瓦解……
　　到底两人能在动画播放之前幸存下来吗……

一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……

小学六年级的航祐和夏芽不仅在同一栋公寓长大，也是彼此最好的朋友。夏日里的某天，他们在即将拆除的公寓玩耍，却突然陷入异象，举目所见，尽是一片汪洋。航祐和朋友们有办法回到原来的世界吗？一场夏日告别之旅就此展开。

更衣小夜是私立三荆学园的高中二年级学生，虽然平常和同学们一起过着普通的学园生活。但是另一方面，她还要接受父亲的命令完成某项“任务”。那就是狩猎被称为“古物”，拥有远超过人类力量，并且以人类为食的东西。小夜作为唯一可以打到“古物”的人，为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲，使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。

苍月潮（畠中祐 配音）是一位身体瘦弱的平凡国中生，一次偶然中，潮在地下室里遇见了一只被封印长达五百年之久的妖怪，并于无意之中拔出了封印它的“兽茅”，使得妖怪重返人间。潮身上所爆发出来的惊人力量令妖怪震惊，它当即表示臣服于潮，于是，潮替妖怪取名“虎”（小山力也 配音）。
　　成为了兽茅的继承人，潮的肩上负担起了斩妖除魔维护和平的使命，各路妖怪亦循迹而来，向他发出了挑战。在不断的合作和战斗之中，潮和虎之间结下了深厚的友谊，而两人亦被卷入了一个波及到整个世界的阴谋之中，而躲在兽茅背后的各路人马也一一出现在潮的身边。

小学六年级的小织，在父母车祸双亡后被经营温泉旅馆「春之屋」的外婆收养，也开始了她的小女将修行之路。少根筋又冒失的她，时常被敌对旅馆同龄之女秋野真月嘲笑。但生性乐天的小织，在旅馆里的幽灵小卖、美阳及铃鬼鼓励之下，努力地招待每位客人。是一部温暖且欢乐的女孩成长记。

漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。

炎炎夏日，为了找到所向披靡的独角仙，大雄（大原めぐみ 配音）痛哭流涕，对哆拉A梦（水田わさび 配音）软磨硬泡。无奈之下，哆拉A梦和哆拉美（千秋 配音）拿出时光圈，帮大雄在500年前的新西兰寻找独角仙，谁知却意外抓到了早已灭绝的恐鸟。为了不至于让恐鸟走向灭亡，他们决定将其送往奇迹之岛。奇迹之岛是由未来的科学家开发的专门用来收留、保护、研究灭绝动物的小岛，传说岛上有一只黄金独角仙，它可为当地的生物注入生命的力量。一波三折，大雄和小伙伴们来到了这里，并且结识了和大雄极其相像的神秘少年达凯（野沢雅子 配音）以及善良的洛科洛族。与此同时，一个黑心商人图谋抓住黄金独角仙……
　　本片为哆拉A梦诞生前100年的纪念之作。