影片设定在《阿凡达》的剧情落幕十余年后，讲述了萨利一家（杰克、奈蒂莉和孩子们）的故事：危机未曾消散，一家人拼尽全力彼此守护、奋力求生，并历经艰险磨难。
　　杰克和奈蒂莉组建了家庭，他们的孩子也逐渐成长，为这个家庭带来了许多欢乐。然而危机未曾消散，萨利一家拼尽全力彼此守护、奋力求生，最终来到潘多拉星球临海的岛礁族寻求庇护。岛礁族首领特诺瓦里与罗娜尔为萨利一家提供了庇护所，这个部族的成员都是天生的潜水好手，也和海洋中的各种生物建立了密切联系。

美国中西部某个小镇，玩偶制作师塞缪尔·穆林斯（安东尼·拉帕格利亚 Anthony LaPaglia 饰）和妻子埃丝特·穆林斯（米兰达·奥图 Miranda Otto 饰）女儿安娜贝尔（萨马拉·李 Samara Lee 饰）过着幸福无忧的生活，然而突如其来的车祸夺走了安娜贝尔的生命，穆林斯一家的生活从此陷入黑暗之中。12年后，一辆老旧的大巴拉来了修女夏洛特（斯黛芬妮·西格曼 Stephanie Sigman 饰）及其收养的孩子，从此之后，穆林斯的房子便成为了她们暂时落脚的新的孤儿院。
　　此时的塞缪尔面色阴郁，他引领孩子们参观这座房子，却独独禁止女孩们步入安娜贝尔的房间。好奇心颇重的琳达和珍妮丝没有听从塞缪尔的话，她们由此打开了恐怖的大门……

瑞贝卡（泰莉莎·帕尔墨 Teresa Palmer 饰）早早离开了母亲索菲（玛丽亚·贝罗 Maria Bello 饰），独自生活，之后索菲和保罗（比利·伯克 Billy Burke 饰）结婚，瑞贝卡有了一位名为马丁（加布里埃尔·贝特曼 Gabriel Bateman 饰）的同母异父的弟弟。然而，保罗在一场事故中死于非命，索菲因此陷入了悲伤和绝望之中，与此同时，马丁发现，妈妈常常会对着黑暗窃窃私语，似乎那里隐藏着一位“不速之客”。
　　精神备受折磨的马丁向瑞贝卡求助，瑞贝卡因此想起了自己童年时代发生过的与此极为相似的事件。经过调查，这位隐藏在黑暗之中的神秘人物名为戴安娜（艾丽西娅·维拉-贝利 Alicia Vela-Bailey 饰），曾是母亲住院其间最好的朋友，之后死于一场医疗事故，如今，戴安娜的亡魂再度回到了索菲的身边，她要这位她最好的朋友永远的和她在一起，任何企图接近的人都将面临死亡的威胁。