三村新之丞（木村拓哉 饰）是名平凡的下级武士，他的工作是帮藩主试毒，备好的饭菜先由试毒者吃，确认没有不良反应后才会给主人吃。就在一次试毒中，新之丞双目失明，失去眼睛无异于废人，他的命运急转而下，幸而美貌贤惠的妻子加世（檀丽 饰）帮助下，他才重新面对生活。
　　但三村一家由此失去 了生活来源，在亲友建议下，为了维持生计，加世拜托上级武士岛田藤弥（坂东三津五郎 饰）向藩主求情，希望能保住一半薪俸。可岛田以新之丞的薪俸为要挟，强迫加世委身于他。新之丞得知后，无法接受事实，休掉了妻子并决定和岛田决一死战，挽回比生命更加宝贵的武士尊严。

主角岩森明在其妻子的故乡宇都川村寻找他失踪的妻子瞳及其女儿爱子。停留期间，大雨袭击了周边地区，村子陷入孤立的状态。不久，发生了一个年轻人被杀的事件，不信任和不安开始笼罩整个村庄，除了有影响力的氏族的对立之外，愤慨的年轻人与成年人之间的代际对立也逐渐加剧。
　　全村随着陷入萧条的日子日益临近，年轻人的暴发能量高涨到最高峰。在这个人们沸腾的绝望之村里，岩森能否在这个绝望的村庄里重温他的家人和他的过去？

夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪 饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在颓唐无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生 饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子 饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰 饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身地。3•11大地震让福岛灾民大石谦三（筒井道隆 饰）和来自东京的志愿者杉田明美（菊池亚希子 饰）相识。大石对后者展开狂热的追求，甚至尾随来至东京。
　　平凡人的小故事，在深夜食堂内交替上演……

小小的深夜食堂，迎来送往这个喧嚣都市内奔波疲惫的人们。他们漫无目的，或者迷失方向，却往往不经意间在这个蕞尔角落找到前行的希望。每当在工作中遇到烦心事，赤冢范子（河井青叶 饰）便穿着丧服在大街上游荡。偶然机缘，她在葬礼上结识了一名男子（佐藤浩市 饰），干涸的心田便为爱情所滋润。经营荞麦面生意的高木圣子（木村绿 饰）与儿子清太（池松壮亮 饰）相依为命，清太和年龄长于自己的木村纱织（小岛圣 饰）相恋，而一直与圣子好姐妹相称的圣子却全不知情。年逾古稀的老太太夕起子（渡边美佐子 饰）被诈骗电话骗到了东京，食堂的热心人们担心她的钱被人骗走，老奶奶则不以为意。这趟前来，她仿佛有个未了的心愿。
　　本片根据同名漫画改编，为同名深夜剧的第二部电影版。