铁剑（高山南 配音）奉父之命潜心钻研剑道，在比赛场上遇见了一生的宿敌鬼丸猛（堀川亮 配音），几番较量之下，鬼丸猛成为了铁剑的手下败将，不甘心的他被风神附体，得到了绝世珍宝风神剑。这边厢，铁剑亦得到了同样拥有强大力量的雷神剑，鬼丸猛一心想要夺走雷神剑，实现自己双剑合璧统治地球的野心，然而却总是不敌铁剑。
　　在彻底粉碎了鬼丸猛的阴谋之后，铁剑和一干好友踏上了寻找龙珠的旅途，贼心不死的鬼丸猛自然要从中作梗，派出剑客，阻挠铁剑的队伍。最终，铁剑完成了目标，召唤出了神龙，哪知道神龙的出现使沉寂多年的香姬（深见梨加 配音）横空出世，世界再度落入了危险之中。

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。
　　时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
　　50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。
　　但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面……

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
　　大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
　　开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

很久很久以前，人世间鬼怪横行，魑魅魍魉泛滥成灾。当时出现了一个最强的役小角，他降服了拥有强大实力的鬼神为自己所用，以铲除为非作歹的鬼怪。在役小角临死之际，他将鬼神封印，人世间绝少听闻鬼神的消息。时间来到了现代，役小角的后代小明（横山智佐 饰）在命运的驱使下解开封印，可是 高傲的前鬼根本不服从小明的役使，于是这个女孩只得将其变成童子的模样。与此同时，凭依兽大量出现，而许多可怕的敌人交替登场。人世间再度为难，小明能否继承祖先的遗志，和前鬼共同击退各路邪祟呢？
　　本片根据谷菊秀（原作）、黒岩よしひろ（作画）创作的漫画《鬼神童子ZENKI》改编。

这是个人造的世界，一个充满不可思议的力量的地方。一群十四，五岁的孩子在灾难来临的时候，不经意却又无可避免的落如了这个神秘的空间内。
　　《无限的未知》是近期看的片子内唯一一部与众不同的TV版动画，透过一群孩子在无成人带领的情况下，生活在名位“利维亚斯”的宇宙船内，被外面的世界背叛，诬陷为恐怖份子后的几个月的逃亡生活。
　　当有人聚集的地方就会形成一个社会；当人群遭受灾难即会出现骚乱，暴动；当面临未知的命运时就会有不安，恐惧。所以当这些事落在一群孩子身上，表现的更加强烈。诱骗、隐瞒、强压、暴力都无法抑制越来越中的不按，当面对外面的强敌时可以安心的依靠利维亚斯神奇的力量，可面对那一张张同自己一样不安的脸时却无能为力。
　　在这样的状况下擦发现自己的力量多么渺小，并不是拼命努力就可以了， 再也无法像以前一样压抑着不满微笑对人了。所有的人都变得更敏感，如一根被绷得过紧的弦只要是一阵风就会被震断，响声震耳欲聋。
　　和一般的动画不同之处就在于，《无限的未知》并不仅仅是描写一部机械与战争的热血漫画，在这部片子里我们看到的更多的是当绝望充斥着整个利维亚斯内，每个平凡人的表现。并且编导用了一个比较特别的表现形式，那就是自始至终出现在利维亚斯内的神秘少女。一个开始感觉如rei般的女孩，一个单纯到近乎白纸的女孩，一个从未接触过外人完全不了解人心的女孩。在这个船舱内如若无人境地的走动，感受着没一个人的恐惧，悲伤和绝望。于是这个开始面无表情的女孩变得会笑、会哭、会忧伤、会愤怒，然后更加强大。
　　为什么要这样？！
　　为什么？！
　　好痛苦！好悲伤！
　　可是我不想死！！
　　我想活下去！！
　　所以利维亚斯有了更强大的力量，于是每次都能绝处逢生，因为想活下去的信念超越了所有的情感和障碍。
　　利维亚斯一个神秘的世界，利维亚斯人类科技的产物，利维亚斯如白纸般的少女，利维亚斯——无限的未知。