成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

因为拥有能够看到妖精的特殊体质，少女莉迪雅（水树奈奈 配音）常常遭到同伴们的排挤和孤立，但是即便如此，莉迪雅依旧决定利用自己的能力，成为一个专门处理人类和妖精之间事宜的妖精博士。某一日，在渡轮上，莉迪雅遇见了一位神秘的金发青年——爱德格（绿川光 配音）。爱德格自称青骑士伯爵，并且请求莉迪雅帮助他寻找其遗失的，能够证明身份的宝剑。就这样，莉迪雅同爱德格签订了契约，一同踏上了寻宝的旅程。
　　城市里发生了臭名昭著的强盗事件，被通缉的犯人无论怎么看都很像身边来路不明的爱德格，而那个跟随在爱德格身边不离不弃的少年随从雷温（杉田智和 配音），也越发的形迹可疑起来。爱德格真的是伯爵吗？他又隐藏了怎样不可为人道的身世呢？逐渐的，莉迪雅发现自己正在接近事件的真相。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
　　本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
　　世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……
　　本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……
　　本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。

第14回サイバーフォーミュラWGPX。その最終戦でハヤトの指示にアスラーダが異を唱えたのが発端となり、違うマシンに興味を抱いたハヤトは新シャーシの完成を待つこともなくガーランドで15回大会に挑む決意をする。
　　15回大会は開幕から大波乱を巻き起こした。新条を解雇し今日子を副社長に格下げしたアオイが、新オーナーに名雲京志郎を、新ドライバーにフィル・フリッツを起用。そして謎のニューマシン『アルザード』で超人的なタイムを叩き出したのだ。その速さに焦りを感じるライバルチームをよそに、次々と優勝をさらうアルザード。
　　誰も寄せ付けないその驚異のスペックに、ハヤトさえまともに勝負できず自暴自棄になる。しかしアメリカでストックカーをしていた新条の言葉に目を覚まされ、謙虚にアルザードに挑もうと決意した。

ハヤトが絶好調の第12回大会。しかし第5戦イギリスグランプリで、ハヤトはランドルとクラッシュしてしまった。それは「ZEROの領域」と呼ばれる、ドライバーの全神経を極限まで高める感覚に目覚めたハヤトが、感覚に振り回されて引き起こしたものだった。
　　重傷を負ったハヤトは年内かけてリハビリに集中。事故のトラウマから逃げるためにレースをやめてあすかと婚約するが、自分の気持ちに嘘はつけきれず、悩んだ末に復帰を決意する。
　　ハヤトはみきたちスタッフやあすかの支えで事故の後遺症を乗り越え、競争力のない旧型マシンと化したアスラーダでどうにか13回大会を戦っていく。

商朝末年，人间一片惨状。本来贤明的君主纣王（三浦绪子 配音）被妖女妲己（加素由美 配音）魅惑，终日沉迷在酒池肉林之中。妲己代领其一帮妖怪仙人全权掌管着朝政，一时间生灵涂炭，民不聊生。同一时刻，在天界修行的道士太公望（结城比吕 配音）接受了一个叫做“封神”的任务，他要一一打败卷轴中的邪恶仙人，将它们的魂魄封印在“新界”之中。太公望和坐骑四不像（增川洋一 配音）来到人间，被眼前的惨状所震撼，在执行封神任务的过程中，他渐渐发现所谓的“封神”并不如表面上所示的那么简单。
　　妲己的名字也在卷轴之中，可是太公望凭借一己之力无法打败如此强大的敌人。太公望来到西岐，说服诸侯姬昌（麦人 配音）集结兵力推翻殷的统治，从而达到打倒妲己的目的。此时，仙界一直对抗的两方势力也借此骚乱开始蠢蠢欲动。一场跨越人间和仙界的惨烈战争即将爆发。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
　　不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。