深夜寂静的恐龙博物馆，突然出现巨响，原来是来自异次元中的另一星球的进化恐龙－“爆龙”，现身在大都市各处，不断进行破坏。戴诺亚斯星的恐龙进化成为力量强大的「爆龙」，并凝聚其意念变身为「爆龙战士」。不幸的是，戴诺亚斯星被邪命体－艾弗利安所灭亡。为了守护地球不再遭受相同的命运，维护正义与和平的爆龙战队穿越次元，再度与邪命体作战。

ハヤトが絶好調の第12回大会。しかし第5戦イギリスグランプリで、ハヤトはランドルとクラッシュしてしまった。それは「ZEROの領域」と呼ばれる、ドライバーの全神経を極限まで高める感覚に目覚めたハヤトが、感覚に振り回されて引き起こしたものだった。
　　重傷を負ったハヤトは年内かけてリハビリに集中。事故のトラウマから逃げるためにレースをやめてあすかと婚約するが、自分の気持ちに嘘はつけきれず、悩んだ末に復帰を決意する。
　　ハヤトはみきたちスタッフやあすかの支えで事故の後遺症を乗り越え、競争力のない旧型マシンと化したアスラーダでどうにか13回大会を戦っていく。

舞台は西暦2087年。月に誕生した軍事政権による統一国家・ギガノス帝国が地球連合に対して一方的に独立を宣言し、宣戦を布告。戦火はスペースコロニーと地球本土に拡大し、月面のマスドライバーやメタルアーマー (MA) などの兵器によって、地上の7割はギガノスに占拠されていた。
　　そんな中、スペースコロニー「アルカード」の住人である主人公・ケーン・ワカバ、タップ・オセアノ、ライト・ニューマンの3人は、ひょんなことから新開発メタルアーマー・D兵器（ドラグナー）のパイロットとして登録されてしまい、追撃部隊を撃破する。こうして、彼らはギガノス帝国の追撃艦隊と戦いながら地球連合軍本部を目指すことになる。