琪琪今年13岁了，按照魔法界的规矩，魔法少女年满13岁就要出外进行为期一年的修行。所以琪琪带着宠物黑猫吉吉踏上了修行之旅。然而，修行之旅开始得并不顺利，当琪琪来到海边一座大城市时，人们并没有欢迎她的到来，人人都不搭理她。幸亏琪琪有一颗善良的心，当她拾到了一件别人的失物时，热心的琪琪找到了失主。她的善良赢得了面包店老板娘的好感，琪琪就在面包店开始了她用飞行魔法为客人服务的快递业务。琪琪很快适应了新环境，一次，一个热衷于飞机制造的男孩邀请琪琪去参加飞行俱乐部的聚会，途中琪琪因为帮一位老大娘送东西而被雨淋了。从此，琪琪突然发现自己的魔法正在一天天变弱。

现实生活中，大雄（小原乃梨子 配音）经常受到老师和妈妈的责骂，还常被小夫（肝付兼太 配音）、胖虎（立壁和也 配音）欺负。他无时无刻不在梦想成为胆识过人、实力强大的超级英雄。为了帮心情低落的大雄一圆英雄梦，哆啦A梦（大山のぶ代 配音）拿出造梦机器。经过一番挑选，大雄鬼使神差地选择了《梦幻三剑士》的剧情。在精灵西露可（山本道子 配音）的引领下，大雄来到了梦中的亚米鲁曼王国。在这里，他被称为银剑客诺比尼亚，宿命中将要推翻妖灵大帝奥特罗姆对亚米鲁曼王国的统治，他还遇到小夫和胖虎模样的剑客斯内密斯、贾托斯。他们联手向妖灵军团发起冲击，而在这一过程中，现实和梦境的界限渐渐混淆……

从人类开始开发宇宙开始进入A.C.（After Colony）纪年，在第一个宇宙殖民地L1完成后百年，地球统一政府对殖民地以武力实行高压统治。 在A.C.165宇宙住民对地球圈发起抗争，而在其中的调停者是非暴力非武装份子的希罗·維，并在各殖民地和地上展开演说推广其理想，但其在A.C.175遭到暗杀（其中一种说法为杀手是OZ前身的特务组织的成员），随后殖民地陷入混乱并遭到特务部队（后来的OZ前身）镇压。之后在地球上提倡和平主义的山克王国和其王室匹斯克拉福特家族也遭消灭。 A.C.195年强力反对地球统一政府强力支配的殖民地份子，对地球送入了五架高达，开始歼灭特务部队OZ的“流星作战”（Operation Meteor）。