头领战士分别加入两派，形成新的对抗，擎天柱牺牲。巨无霸战舰出现，汽车人取得战略优势。撒克巨人开始露面，阴谋争夺权力。惊破天在地球北极战斗中被深埋在冰川下。撒克巨人掌权，秘密制造巨型变形金刚。撒克巨人躯体完成，巨无霸伏特使出了玛斯塔剑击败撒克巨人。火星被霸天虎炸毁。补天士传位于巨无霸福特，流浪宇宙。撒克巨人秘密制造对抗玛斯塔剑的撒克盾，成功抵挡巨无霸。霸天虎暗中抵达地球，策划终极的爆炸地球计划，汽车人奋勇保护，最后在南极决斗中，以团结的力量摧毁撒克巨人。
　　1 从天而降的四勇士
　　Four Warriors Come Out of the Sky
　　2 马斯塔星之迷
　　The Mystery of Planet Master
　　3 第二代擎天柱诞生
　　Birth of Double Convoy!
　　4 卡式作战
　　Operation:Cassette
　　5 比斯特星人暴动
　　Rebellion on Planet Beast
　　6 恶魔陨石袭来
　　Approach of the Demon Meteorite
　　7 四百万年的遮掩现象之迷
　　The Four-Million-Year-Old Veil of Mystery
　　8 恐怖的六个影子
　　Terror of the Six Shadows
　　9 危机笼罩斯比顿星球,上
　　Cybertron is in Grave Danger(1)
　　10 危机笼罩斯比顿星球,下
　　Cybertron is in Grave Danger(2)
　　11 萨克巨人的阴影
　　Scorponok, the Shadow Emperor
　　12 火山之迷
　　The Dormant Volcano Mysteriously Erupts
　　13 萨克巨人与巨无霸福特
　　Head On, Fortress Maximus
　　14 火星爆炸！巨无霸福特的危机
　　Explosion on Mars! Maximus is in Danger
　　15 火星爆炸！萨克巨人出现
　　Explosion on Mars! Megazarak Appears
　　16 归来的钢铁巨人
　　The Return of the Immortal Emperor
　　17 行星桑德拉的呼救
　　SOS from Planet Sandra
　　18 世界上最宝贵的东西
　　The Most Important Thing in the World
　　19 蜂巢星上的决斗
　　Battle to the Death on the Beehive Planet
　　20 伪装星球攻防战
　　Tide-turning Battle on the False Planet
　　21 揭穿萨克巨人的弱点
　　Find Megazarak's Weak Spot
　　22 友谊的力量
　　Head Formation of Friendship
　　23 宇宙海盗船的秘密
　　Mystery of the Space Pirate Ship
　　24 马格拉斯(通天晓)之死
　　The Death of Ultra Magnus
　　25 消失在冰山的破坏大帝
　　The Emperor of Destruction Vanishes on an Iceberg
　　26 恐怖大帝的惨败
　　I Risk My Life for Earth
　　27 新的目标马斯塔星球
　　Miracle Warriors - The Targetmasters(1)
　　28 先锋战士
　　Miracle Warriors - The Targetmasters(2)
　　29 危机—马斯塔剑
　　The Master Sword is in Danger
　　30 撒克盾攻防战
　　The Zarak Shield Turns the Tide
　　31 狂派歼灭战
　　Operation: Destroy the Destrons
　　32 我的朋友六面兽
　　My Friend Sixshot!
　　33 星形线上的决斗
　　Duel on the Asteroid
　　34 最后的地球大决战(上)
　　The Final Showdown on Earth(1)
　　35 最后的地球大决战(下)
　　The Final Showdown on Earth(2)

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……

莲川一也（佐佐木望 配音）是一个平凡的少年，和哥哥莲川一弘（井上和彦 配音）过着相依为命的生活。哥哥即将结婚了，可是，他的结婚对象竟然是一也的初恋，这让初涉爱河的一也备受打击，感到在家中毫无容身之处。
　　终于，一也升入了高中，虽然过程有一点坎坷，但是踏入私立绿都学院高中校门的一瞬间，他的内心还是有着小小的激动。一也入住了男生宿舍绿林寮，在这里，他结识了风度翩翩温柔体贴的宿舍长池田光流（岩田光央 配音）、总是绷着一副面孔但实际上非常温柔的手冢忍（关俊彦 配音）和看上去完全就是一个女生但实际上是男儿身的如月瞬（坂本千夏 配音）等人。