舞台は西暦2087年。月に誕生した軍事政権による統一国家・ギガノス帝国が地球連合に対して一方的に独立を宣言し、宣戦を布告。戦火はスペースコロニーと地球本土に拡大し、月面のマスドライバーやメタルアーマー (MA) などの兵器によって、地上の7割はギガノスに占拠されていた。
　　そんな中、スペースコロニー「アルカード」の住人である主人公・ケーン・ワカバ、タップ・オセアノ、ライト・ニューマンの3人は、ひょんなことから新開発メタルアーマー・D兵器（ドラグナー）のパイロットとして登録されてしまい、追撃部隊を撃破する。こうして、彼らはギガノス帝国の追撃艦隊と戦いながら地球連合軍本部を目指すことになる。

“バイストン・ウェル”は海と地の接する間にある異世界である。深海を空に、地熱と人の“オーラ力（ちから）”を源に、妖精フェラリオや闇のカ・オスまでもが共存する世界である。
　　“ア”の国の地方領主ドレイク・ルフトは、戦力増強を図り、優れたオーラ力を持つ地上人を呼び込もうとしていた。 そのひとり、ショウ・ザマは、オーラバトラー・ダンバインを与えられ、聖戦士と遇されることになる。だが、反逆者ニー・ギブンと彼に従う地上人の少女マーベル・フローズンに出会った時、ショウは不可解な言葉を投げつけられる。「何も知らずドレイクに手を貸す馬鹿な男」。 やがて“バイストン・ウェル”での争いは、地上界をも巻き込む巨大な戦雲となっていく。

二重太陽サンズを取り巻く５つの惑星からなる太陽系ペンタゴナ・ワールド。その辺境にある惑星コアムに青雲の志を胸に故郷を旅立った若者２人、ダバ・マイロードとミラウー・キャオがいた。
　　支配者ポセイダルによって治められているもののペンタゴナ・ワールドの政治は腐敗しており、各地では反乱軍が決起し戦乱が絶えなかった。ダバたちは元盗賊団のファンネリア・アムや、同様に青雲の志に燃えるギャブレット・ギャブレーと出会い、あるいは衝突しながら、ペンタゴナ・ワールドの実態を知るようになる。
　　ヘビーメタル・エルガイムを駆り、ポセイダル軍と戦うダバは、やがて反乱軍のリーダーとなっていった。

故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。
　　让兔人们没有想到的是，遥大地竟然就是他们要找的光明魔动战士，通过魔法阵，遥大地召唤出了地之魔动王。之后，召唤出风之魔动王的山本加斯（松田辰也 配音），召唤出水之魔动王的玛利乌斯（安达忍 配音）等人纷纷登场，一行人来到了圣地路那，准备在那里展开一段惊心动魄的奇幻旅程。