距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。
　　此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……

面包是一款老少皆宜的美食，在某些国家，人们甚至将面包作为每日的主食。在这世上，有英式面包，有法式长棍，有德式全麦，但却偏偏没有所谓的日式面包，对于身为纯正日本人的少年东和马（小林由美子 配音）来说，这不能不算是一种遗憾。因此，从小就对面包有着深厚感情的东和马决定走上面包的修罗之路，发誓要制作出能够代表日本的面包，让日式面包称霸全球。
　　东和马的秘密武器是一双比常人温度略高的手掌，人称“太阳之手”，经过这双手揉制发酵的面团总是能够为食客带来惊喜。在修炼的途中，东和马结识了热血青年河内恭介（阪口周平 配音）和面包店老板的女儿梓川月乃（大冢千寻 配音）。在三人的努力之下，他们在世界范围内的各大面包大赛中崭露头角，逐渐的朝向梦想的终点前进着。

国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此离家出走，跟随萤来到了学园。但没有超能力的她根本无法进入，被学院老师鸣海先生（石田彰 配音）救助后，意外地开发了蜜柑的超能力，于是，机缘巧合下，蜜柑也进入了爱丽丝学园，达成了她和萤在一起的愿望。
　　新学校的生活有喜有忧。蜜柑所具备的超能力被同学嗤笑为最无用能力，和其搭档的又是问题少年日向枣（朴璐美 配音），不能见相依为命的爷爷，在各种挫折困难面前，蜜柑依然乐观应对，逐渐赢得了大家的喜欢，也收获了和枣的爱情，但前路依旧有各种困难在等着他们……