这是一个神灵真实存在的世界，正如神话中所流传的那样，诸神在各自的领域中发挥着不同的作用。但是，逐渐的，有一些邪恶的神开始无法安分守己，他们的欲望和权利想要的到伸张，也会带来毁灭性的灾难。于是，一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了，我们称他们为弑神者。
　　草薙护堂（松冈祯丞 配音）是一个普通的高中生，一次偶然中，他打败了军神继承了他的能力，从此，一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时，少女艾丽卡（日笠阳子 配音）、巫女万里谷祐理（花泽香菜 配音）、艾丽卡的好友利利亚娜（喜多村英梨 配音）等人也都逐渐发现了自己的能力，随着战斗的深入，他们发现，单打独斗绝非正道，只有团结起来，利用优势隐藏劣势，才有可能战胜那最后的，最可怕的，也是最强大的敌人。

男高中生比企谷八幡（江口拓也 配音）性格别扭，孤僻乖张，既交不上朋友，也不敢跟女生说话。老师布置了“回顾高中生活”的作业，他却通篇愤世嫉俗之言，最后还发出了“给我爆炸吧”的诅咒。老师因此强行将他带去了只有一个部员的“侍奉部”，希望可以改变他的性格。这个社团的活动，就是拥有者将以慈悲之心施予贫乏者，简单地说，就是侍奉部里的志愿者向有困难的人伸出援手。侍奉部部长就是校内无人不晓的雪之下雪乃（早见沙织 配音），她头脑聪明，长相可爱，却为人高傲。雪之下要纠正比企谷的问题，而他却表示不必。因此老师提议他们决一胜负，赢的人就可以随意命令输的人。
　　比企谷与雪之下接触之后，发现女神级别的她也有自己的烦恼，两人似乎有相似之处。想提出交朋友要求的比企谷，被高贵冷艳的雪之下一口回绝。这对男女真的能在侍奉部里谱写出恋爱物语吗，还是注定只是一个错误的青春喜剧？

故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。
　　司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是魔法高校的新生，深雪是能力优秀的“花冠”，而达也则是作为其替补的二科生“杂草”。在学园中，兄妹两人结识了许多有趣的同伴们——个性大大咧咧不拘小节的千叶艾丽卡（内山夕实 配音）、文静胆小的柴田美月（佐藤聪美 配音）、正直勇敢的西城雷欧哈鲁特（寺岛拓笃 配音）、认真努力的吉田干比古（田丸笃志 配音），在学习的过程中，存在于学园之中的秘密也在逐渐揭晓。

2095年10月31日。
　　未观测的战略级魔法，将朝鲜半岛南端的军事都市及舰队消灭了。
　　自从被称作《灼热的万圣节》的那一天开始，
　　世界因新的战略级魔法师登场而震撼。
　　其中拥有「世界最强的魔法部队」STARS的北美利坚合众国（USNA）感觉到日益强烈的危机感，
　　为了揭露未观测的战略级魔法以及使用这一魔法的魔法师的真面目，而积极地在暗中行动。
　　约两个月后的12月24日。
　　就在整座城市因圣诞节的饰品和灯饰而变得热闹非凡之际，
　　达也等人为了给准备前往美国交换留学的雫饯行，而聚集在艾尼布利榭。
　　雫前往美国的期间是三个月。根据雫所说，和她交换来到第一高校的，
　　是和她同龄的女孩子。
　　与此同时，在USNA的STARS基地，一名少女正准备前往第一高校展开潜入调查。
　　她的名字是安洁莉娜·库都·希尔兹。
　　她身为STARS历代最年轻的总队长，
　　是操纵战略级魔法重金属爆散的USNA最强魔法师——。

深夜，挥舞巨大钢筋袭击人类的亡灵“钢人七濑”。是单纯的都市传说，还是真正的亡灵？给予妖魔鬼怪们智慧的巫女——岩永琴子，与之正面抗衡。为了消灭由人类想象力创造的恐怖妖怪，为了对抗虚构，琴子设下了由虚构组成的重重机关。

季節は過ぎ、もうすぐ二度目の春――。
　　劣等生の兄と、優等生の妹。ふたりの魔法科高校での生活は、その一学年目を終えようとしていた。
　　達也、そして深雪たちは春休みを利用して、小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。
　　束の間の休息に羽根を伸ばす達也たち。
　　しかし、そんな達也たちの前にひとりの少女“九亜”が現れる。海軍基地から脱走してきたその少女は達也にひとつの願いを告げる――。

御庭摘希（大久保瑠美 配音）是一个有着紫色长发和呆毛的傲娇少女，个性呆萌又别扭的她有着一个心上人——音无伊御（冈本信彦 配音）。在伊御的眼中，摘希是一个需要照顾的小妹妹，这让摘希觉得十分抓狂。虽然完全没有自觉，但是伊御时常会做出一些让摘希无法承受的刺激举动。
　　围绕着这一对友达以上恋人未满的笨蛋情侣的，是一群有趣又善良的朋友们。天然呆的春野姬（福原香织 配音）总是被爱捉弄人的科学怪人片濑真宵（生天目仁美 配音）耍得团团转；而有着僵硬症的戌井榊（浅沼晋太郎 配音）又总是在笑料达到高潮的时刻浑身僵直不能动弹。这群可爱的朋友们，围绕着他们而展开的日常就是这部动画所要表达的主要内容。