故事主要讲述了女主角桃园奈奈生因好赌而欠债的父亲不知去向，被讨债的人赶出了家。在走投无路之时，她帮助了一位被狗追的懦怯的男人，得知她的遭遇后神秘的男人说出了「我把我的家转让给你吧。」这样出奇的话……

和身为学生会会长，在学校里处处受人瞩目的姐姐夜之森红绪（松井惠理子 配音）不同，无论是外表还是性格，夜之森小红（照井春佳 配音）都只能用“普普通通”来形容，然而，在十六岁生日那天，家中的两位不速之客彻底改变了小红平静的生活。
　　沉默寡言，存在感薄弱的三峰白夜（羽多野涉 配音）和个性傲娇逞强的妹妹三峰真白（吉田有里 配音）成为了小红家里的住客，而白夜的另一个身份，竟然是小红的未婚夫。不仅如此，白夜还成为了小红班级里的转校生，就连在学校里也如影随形！家里突然多了两个人，什么事情都变得复杂和麻烦起来，面对这突如其来的状况，小红会怎样应对呢？

如月雨露想要交女朋友，为此他装出迟钝且纯情的形象以求自己追寻的对象能喜欢上自己，但他的计划却宣告失败，而唯一对雨露有兴趣的反而是他最讨厌的对象三色院堇子。

青野月音（岸尾大辅 配音）是一个平凡的高中男生，在升学考试之中，月音发挥失常，导致了无学可上的尴尬局面，就在此时，一间名为阳海学园的学校向月音抛出了橄榄枝，这是月音继续接受教育唯一的希望了，月音当然毫不犹豫的接受了。
　　然而，阳海学园可不是什么普通的学校，这是一所专门供给各种各样的妖怪们学习的学校，照理来说，人类是不可以进入校园的，一旦被发现真实身份，便会被妖怪们杀死。一次偶然中，月音邂逅了名为萌香（水树奈奈 配音）的吸血鬼少女，萌香意外的发现月音的血有着至高无上的美味，于是决定帮助月音隐瞒身份，在这所学校里生存下去。

里见孝太郎（中村悠一 配音）是一位看似再普通不过的高中生，居住在房租极为廉价的可乐娜庄公寓106号房间，过着平静的生活。令孝太郎再也没有想到的是，在某一天，他波澜不惊的生活会因为一位少女的出现而彻底遭到改变。
　　少女名叫东本愿早苗（铃木惠理 配音），她的真实身份竟然是寄宿在106号房间的幽灵，在企图吓跑孝太郎的计划失败后，早苗开始渐渐习惯起了和孝太郎“同居”的生活。想和孝太郎争夺房间的可不止早苗一个，身材火爆的古文明末裔仓野奇莉华（田泽茉纯 配音）、不期而至的魔法少女虹野由莉佳（大森日雅 配音）、从外太空远道而来的皇女提亚蜜思林（长绳麻理亚 配音），这些接二连三出现的美少女们，每一个人都将106号房间作为了侵略的目标。为了保护自己赖以生存的廉价租房，孝太郎的“战争”开始了。

在一次偶然中，拥有着对猫过敏的体质的普通少年高坂润平（浅沼晋太郎 配音）无意得罪了供奉在路边的猫地藏，从此，润平将彻底告别“平凡”二字。猫地藏显灵了，作为惩罚，润平必须实现一百只猫咪的愿望，否则，他本人将变成他最讨厌的猫咪。从此之后，各色可爱的猫咪开始出现在了润平的身边。胖胖的老大喵姆萨斯（田中敦子 配音），单纯可爱的小玉（福山润 配音），天然呆的熊猫（神原由衣 配音），高雅傲娇的黑猫奈尔（福井裕佳梨 配音），通过和它们的接触，润平逐渐摆脱了对于猫咪的偏见。
　　在校园中，润平有一个一直暗恋着的女神——水野枫（井口裕香 配音），为了撮合润平和枫，被润平帮助过的猫咪们开始施展起了各自的本事。

故事发生在云集着优雅大小姐的私立贵族学校藤崎女子中学，人称“野性的丽人”的仓桥莉子（沼仓爱美 配音）有着男孩子般狂野以及正义感十足的个性，某一天不小心撞破了学生会会长真木夏绪（赤崎千夏 配音）的秘密。这个长得漂亮、头脑聪明的会长“藤姬大人”，不仅是老师的得力助手，还是众人憧憬的对象，实际上她却在学生会室里日以继夜地进行“恋爱研究”！因为被真木拜托，莉子当上了学生会会长助理，每天和真木进行恋爱研究与实践。个性过于害羞经常躲起来、因此成为妖精般的存在的学生会书记棚桥铃音（水濑祈 配音）也加入了她们。
　　学生会原会长榎本结子（佐仓绫音 配音）和原会计水嶋沙依理（大地叶 配音）化解了与真木她们的矛盾后，也加入了“恋爱研究所”。五名个性迥异的少女，就此展开了恋爱研究活动！

土间埋（田中爱美 配音），校园中女神一般的存在，成绩优异体育万能，个性温柔正直善良，然而，只有她的哥哥太平（野岛健儿 配音）知道，众人眼中光芒万丈的小埋，在进入家门的那一刹那，就会瞬间变成披着仓鼠斗篷，满地打滚，除了吃就是睡和玩的超级干物女。
　　海老名菜菜（影山灯 配音）是小埋的好友，两人住在同一间公寓中，常常和太平以及小埋一同吃饭。本场切绘（白石晴香 配音）在无意之中捡到了小埋的学生证，于是一路找到了小埋家。橘（古川由里奈 配音）将在学校中视小埋为最强劲的对手，却在没有认出小埋的情况下和她成为了好友。最终，这些女孩子们是否会发现小埋的真实身份呢？

因为拥有能够看到妖精的特殊体质，少女莉迪雅（水树奈奈 配音）常常遭到同伴们的排挤和孤立，但是即便如此，莉迪雅依旧决定利用自己的能力，成为一个专门处理人类和妖精之间事宜的妖精博士。某一日，在渡轮上，莉迪雅遇见了一位神秘的金发青年——爱德格（绿川光 配音）。爱德格自称青骑士伯爵，并且请求莉迪雅帮助他寻找其遗失的，能够证明身份的宝剑。就这样，莉迪雅同爱德格签订了契约，一同踏上了寻宝的旅程。
　　城市里发生了臭名昭著的强盗事件，被通缉的犯人无论怎么看都很像身边来路不明的爱德格，而那个跟随在爱德格身边不离不弃的少年随从雷温（杉田智和 配音），也越发的形迹可疑起来。爱德格真的是伯爵吗？他又隐藏了怎样不可为人道的身世呢？逐渐的，莉迪雅发现自己正在接近事件的真相。

谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？
　　事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释。

这是，某个冬日的故事。 女高中生抚子刚从静冈搬家到山梨，为了观赏“绘制在千元纸币上的”富士山，骑着自行车来到本栖湖。但不巧天气是阴天，没能看到富士山，抚子累得当场躺下睡着了。当她醒过来的时候，时间已是深夜。在第一次到达的地方，早已忘记了回家的路途。一个爱好露营的女孩子凛，向不安胆怯的抚子伸出了援手。为了温暖冻僵的身体，两人点燃了篝火。噼啪噼啪的柴火爆音，在静寂的湖畔显得沁人心脾。围着篝火，抚子和凛一边捧着咖喱面一边对话。终于，两人期盼已久的瞬间到来了。
　　“看到了……富士山……”
　　抚子与凛，由两人的相遇而衍生的户外系girls story开始了。