花店老板汐見英治（香取慎吾 饰）有个天使一样的女儿雫（八木优希 饰）。雫的母亲在生她的时候不幸去逝，留下父女俩相依为命。两个人的生活艰辛却也幸福，英治为人善良热情，深得周围人的喜爱，女儿同样在学校具有相当的号召力。
　　在一个雨天，美丽的陌生失明女子白戸美桜（竹内结子 饰）出现在他们的生活里，从那时起一切都发生了变化。而在花店老板平静生活的背后更是隐藏着具大的秘密，比如多年前的那段恋爱和友谊，比如为什么花店里一直不卖玫瑰。

距离东京三百公里外的凤凰岛上，发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件，谁知却让杉下右京（水谷丰 饰）的老搭档神户尊（及川光博 饰）找上门来。原来这座私人小岛正提供给有自卫队背景的某民兵组织作为训练基地，而该组织似乎涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋（石坂浩二 饰）指派，命令杉下与搭档甲斐享（成宫宽贵 饰）以调查命案的名义前往凤凰岛，暗中侦查生化武器的证据。特命系二人组在民兵组织负责人神室司（伊原刚志 饰）的引导下来到事故现场，而杉下则察觉到这起意外背后似乎有着某种人为的因素存在。
　　当他和随后赶来的伊丹（川原和久 饰）等人渐渐逼近事实真相时，心怀鬼胎的政要突然命令自卫队对他们采取行动……

1 镜子
　　“镜子小姐，镜子小姐，请让我变得漂亮吧！”据说只要念出这个咒语，就会变得漂亮起来。可是当医生森泽泉（広末涼子饰）在医院里的洗手间里这么许愿时，镜子中却出现了一个面缠纱布的女人举着刀向她走来……
　　2 部长OL
　　在一次天台上的训斥对话中，一个闪电使部长（伊武雅刀饰）和OL（釈由美子饰）交换了身份。原本以为对方角色很轻松的两人开始学习扮演各自的身份……
　　3 昨日公园
　　阳介（堂本光一饰）和朋友在公园游玩，不想当天回去的时候，朋友不慎摔下楼梯而死。伤心的阳介来到公园缅怀，竟发现好友正呼喊自己的名字……
　　4 猫的报恩
　　祖母去世后，绘美（内山理名饰）独自和名为小黑的猫一起生活，雨夜里小黑走失了，绘美出门寻找，却在家门口发现倒在地上的黑衣男子……
　　5 家庭会议
　　车祸后，一家三口竟毫发无伤地在家中醒来，似乎一切都没发生过。但在梦中，他们都被告知必须杀死一个人另外两个才能活下来，而且不能自杀。3天内要是做不出抉择谁都活不成……（田中美佐子饰）

1、检索女
　　加奈子（井上真央饰）平时喜欢随时用手机检索情报，联谊派对上，她认识了名为三宅亮的男子，加奈子在手机上却查到两个“三宅亮”，一个是贵公子，另一个却是杀人犯，眼前的这个到底是？
　　2、自杀者再回收法
　　一男子（生田斗真饰）跳楼自杀，却在半空中被撒网救下，醒来后，他发现自己和一帮人被关在一个密闭的空间，并被宣布将被更有效地为国家利用生命，包括器官移植、做新药临床试验、执行特种任务等。
　　3、理想的火锅
　　和树（伊藤淳史饰）上门求婚，晚餐是他的最爱：日式火锅，可是女友一家的火锅做法和吃法都和他理想中的日式火锅相差了十万八千里。
　　4、诅咒杀人
　　一名家庭主妇（釈由美子饰）以陪审员身份参与一起法庭审判，嫌疑犯被控以诅咒连杀8人的罪名，一开始6名陪审员都感到荒诞不经，但诅咒似乎真的发生了……
　　5、梦的检阅官
　　每个人的梦境都由一支团队检阅和传送至梦中，一名女子丧失了爱子，检阅官（石坂浩二饰）不得不小心翼翼地处理她梦境的内容。

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。
　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。
　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。
　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。
　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。
　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。